Les Lacs du Grand Sud abrite une faune unique au monde, comprenant plusieurs
espèces rares et menacées, tant aquatiques que terrestres.
La
particularité de ces milieux réside dans la composition de l’eau,
enrichie en métaux lourds et pauvre en calcium - la faune a donc dû
s’adapter pour vivre dans ces conditions extrêmes. On y observe notamment le poisson micro-endémique Galaxias neocaledonicus dans les cours d'eau. Le taux d’endémisme est également élevé parmi les microorganismes (larves aquatiques d’insectes, algues) qui peuplent ces cours d’eau (75% des espèces connues de larves aquatiques d’insectes, ainsi que 40%
des espèces d’algues de la famille des diatomées sont endémiques).
La plus importante population de
cagous et une des dernières populations de méliphage noir sont observables au Parc Provincial de la Rivière Bleue. On y ressence également la
présence de plusieurs espèces de chauve-souris, geckos et scinques
protégées.